這點不同于線粒體，線粒體DNA也是環(huán)狀雙鏈分子，也有獨立復(fù)制的調(diào)控，但線粒體的功能是細胞生存所必需的。線粒體是細胞的一部分，質(zhì)粒也往往有其表型，其表現(xiàn)不是宿主生存所必需的，但也不妨礙宿主的生存。某些質(zhì)粒攜帶的基因功能有利于宿主細胞的特定條件下生存，例如，細菌中許多天然的質(zhì)粒帶有抗藥性基因，如編碼合成能分解破壞四環(huán)素、氯霉/素、氨芐表霉素等的酶基因，這種質(zhì)粒稱為抗藥性質(zhì)粒，又稱R質(zhì)粒，帶有R質(zhì)粒的細菌就能在相應(yīng)的抗生素存在生存繁殖。所以質(zhì)粒對宿主不是寄生的，而是共生的。醫(yī)學(xué)上遇到許多細菌的抗藥性，常與R質(zhì)粒在細菌間的傳播有關(guān)，F(xiàn)質(zhì)粒就能促使這種傳遞。

分子生物學(xué)使用的質(zhì)粒載體都已不是原來細菌或細胞中天然存在的質(zhì)粒，而是經(jīng)過了許多的人工的改造。從不同的實驗?zāi)康某霭l(fā)，人們設(shè)計了各種不同的類型的質(zhì)粒載體，發(fā)展很快，新的有特定用途的質(zhì)粒不斷被創(chuàng)建。給出最/常用的大腸桿菌克隆用質(zhì)粒pUC19的圖譜，此質(zhì)粒的復(fù)制起點處序列經(jīng)過改造，能高頻率起動質(zhì)粒復(fù)制，使一個細菌pUC19的拷貝數(shù)可達500-700個；質(zhì)粒攜帶一個抗氨芐青/霉素基因，編碼能水解β-內(nèi)酰胺環(huán)，從而破壞氨芐青/霉素的酶，當(dāng)用pUC19轉(zhuǎn)化細菌后放入含氨芐青/霉素的培養(yǎng)基中，凡不含pUC19者都不能生長，結(jié)果長出的細菌就是都含有pUC19的；pUC19還攜帶細菌lac操縱元中的lacI和lacZ基因編碼，β-半乳糖苷酶N端狀146個氨基酸的段落，當(dāng)培養(yǎng)基中含有誘導(dǎo)物IPTG和Xgal時，lacz ' 基因被誘導(dǎo)表達產(chǎn)生的β-半乳糖苷酶N端肽與宿主菌表達的C端肽互補而具有β-半乳糖苷酶活性（質(zhì)粒和宿主編碼的肽段各自都沒有酶活性，兩都融為一體而具酶活性，稱為α-互補，α-complementation），半乳糖苷酶水解Xgal而使菌落呈現(xiàn)藍色；在lacz '中間又插入了一段人工設(shè)計合成的DNA序列，其中密集多個常用的限制性核酸內(nèi)切酶的位點，使外來的基因和序列能很方便地被插入此位置，當(dāng)外來序列插入后則破壞了lac 'z編碼的半乳糖苷酶活性，生長的菌落就呈白色，這種顏色標志的變化就很容易區(qū)分和挑選含有和不含有插入序列或基因的轉(zhuǎn)化菌落，稱為藍白篩選法。

除常用的大腸桿菌質(zhì)粒載體外，還發(fā)展了許多人工構(gòu)建的其它能用于微生物、酵母、植物等的質(zhì)粒載體。含有不止一個ori、能攜帶插入序列在不同種類宿主細胞中繁殖的載體稱為穿梭載體（shuttle vectors）。